gvSiG dispone de una extensión que le permite realizar sus propios scripts en diversos lenguajes de programación, como Jython, javascript, beanShell o groovy.
Jython es una implementación de alto nivel basado en el lenguaje de programación Python escrito en Java e integrado con la plataforma de Java. Permite ejecutar Python en cualquier plataforma Java.
BeanShell es un interprete de código Java con utilidades de script con orientación a objetos. Ejecuta expresiones y estamentos estándar de Java además de los comandos y sintaxis propia de scripting.
Groovy es un potente lenguaje de scripting para la máquina virtual de java que compila el bitecode de java e implementa varias utilidades de alto nivel para los desarrolladores de java.
Existe un tutorial de la extensión de scripting en www.gvsig.org.