Para solucionar este problema hay que ir a la web del proyecto : Xalan http://xml.apache.org/xalan-j y bajarse los binarios de la librería (con la última estable 2.7 a día 2 de Agosto de 2007 funciona).

Hay que copiar los distintos jars que hay en el fichero comprimido (es posible que alguno no sea necesario) y copiarlos en el directorio GEONETWORK_HOME/web/WEB-INF/lib. A continuación hay que reiniciar el Tomcat y ya debería desaparecer el error.