La extensión de topología y análisis vectorial avanzado de gvSIG añade una página al diálogo de preferencias de las extensiones de gvSIG.
Actualmente el usuario solo puede personalizar el directorio donde se almacenan los ficheros temporales generados por la extensión de Topología, y la tolerancia Douglas-Peuckert a aplicar para la herramienta de edición "Generalizar Geometría".
Esta previsto que paulatinamente se vayan añadiendo a este diálogo nuevas entradas para personalizar aspectos de la extensión que hasta ahora no lo son como símbolos empleados para cada tipo de error topológico, parámetros de curvas paramétricas empleadas para suavizar geometrías, número de digitos de precisión numérica empleados en los algoritmos de geometría computaciones, etc.